В настоящее время ни одна из версий обстоятельств и времени смерти главы гестапо не стала общепринятой. Некоторые историки исходят из того, что он погиб в последние дни войны. Существовала даже предположительная могила Мюллера — на гарнизонном кладбище Лилиентальштрассе в берлинском районе Нойкельн. Однако в 1963 году по распоряжению властей могила была вскрыта, и останков нацистского преступника там не нашли.
По еще одной версии Мюллер не погиб и сумел скрыться в конце войны. По одной из версий, группенфюрер СС бежал в Латинскую Америку. По другой — его якобы завербовал НКВД, и шеф гитлеровской тайной полиции перебрался в Москву, где умер в 1948 году. Звучали также предположения, что Мюллер был правой рукой первого руководителя восточногерманской штази Вильгельма Цайссера.
Bild утверждает, что главный гестаповец все же погиб. Газета ссылается на руководителя Мемориала немецкого сопротивления, профессора Йоханнеса Тухеля, который долгое время занимался исследованием этого вопроса. «Генрих Мюллер не пережил конец войны. Его останки были захоронены в 1945 году на еврейском кладбище в берлинском округе Митте», — заявил Тухель, добавив, что это подтверждают данные из различных архивов, которые он сумел получить.
Исследователь рассказывает, что труп был обнаружен в августе 1945 года во временном захоронении недалеко от рейхсминистерства авиации. Опознать Мюллера удалось по генеральскому мундиру, а также по удостоверению с фотографией, которое нашли в левом нагрудном кармане.
Тухель также процитировал из полицейского протокола слова рабочего погребальной команды Вальтера Людерса. В 1963 году он сообщил полиции следующее: «Я сравнил эту цветную фотографию (в удостоверении Мюллера — ред.)…. Я могу сказать, что запечатленное на фотографии лицо было внешне идентично останкам».