Сергей Багапш будет погребен вечером 2 июня в родовом селе Джгерда, что в Очамчирском районе Абхазии. А понедельник, 30 мая, пройдет прощание с покойным в Москве. Оно будет проходить в культурном центре министерства обороны России на Суворовской площади в Москве. В Абхазии церемонию прощания организуют в день похорон в здании филармонии в Сухуми.
Абхазскому политику 21 мая провели операцию легких, в тот же день Александр Анкваб был назначен и. о. главы государства. После смерти Сергея Багапша его представитель Кристиан Бжания проинформировал, что президент непризнанной республики болел раком. Анонимный источник российского «Интерфакса» сообщил, что операция была успешной, однако у Сергея Багапша не выдержало сердце в послеоперационный период.
Президент РФ Дмитрий Медведев и премьер-министр страны Владимир Путин выразили непризнанной республики свои соболезнования.